Independiente de Neuquén está cumpliendo 104 años desde su fundación, ya que un 27 de febrero de 1921 fue creado por idea de varios vecinos, de los denominados por entonces, de las "fuerzas vivas" de la ciudad. Desde sus orígenes, está ligado a los pioneros que llegaron junto con la capital provincial y hoy se erige como un emblema del deporte patagónico.
A pesar de ser fundado cinco años después que su clásico rival, el Club Atlético Pacífico, su origen está profundamente entrelazado con la historia de los primeros pobladores de la capital neuquina, quienes llegaron hace más de 120 años bajo el liderazgo de Carlos Bouquet Roldán. Entre ellos se encontraba Ferrucio Versegnazzi, un austriaco de origen italiano y farmacéutico graduado en Viena, que soñaba con fundar instituciones deportivas en la naciente ciudad.
Versegnazzi, comprometido con el crecimiento de Neuquén, fue el fundador del Club Gimnasia y Esgrima de Neuquén y, posteriormente, en 1911, del Neuquén Athletic Club. No obstante, sería en 1921 cuando, en una reunión en su propia casa, ubicada en la diagonal Alvear y la calle General Roca, nacería el Club Atlético Independiente de Neuquén. Este hecho marcó un hito en la historia del deporte local, consolidando una entidad que prontamente alcanzaría notoriedad en la vida social y deportiva de la ciudad.
El club tuvo diversas sedes a lo largo de su historia. En sus inicios, la sede se encontraba en un terreno con forma de L en la calle Carlos H. Rodríguez, donde hoy se emplaza el Banco Francés. En 1980, se inauguró una nueva sede social con cocheras privadas, y la institución adquirió las tierras de “La Chacra”, donde actualmente se realizan gran parte de sus actividades deportivas.
La cancha de fútbol, durante muchos años, estuvo ubicada en un terreno sobre la calle Independencia. Sin embargo, con el tiempo, el club adquirió otra parcela entre las calles Bartolomé Mitre, José Rosa, Lorenzo Winter y Félix San Martín, donde se construyó un estadio de fútbol que fue el hogar del equipo durante más de 50 años. Además, en ese espacio todavía se encuentra "La Caldera", el histórico estadio de básquet en el que Independiente logró sus dos ascensos a la élite del básquet argentino, siendo el único club de la provincia en alcanzar este éxito.
Aunque el fútbol y el básquet fueron los deportes más destacados del club, la expansión hacia las tierras de la Confluencia fue impulsada inicialmente por los jóvenes y dirigentes del rugby, que comenzaron a desarrollar actividades en esa zona. Con el tiempo, se sumaron disciplinas como el hockey, el tiro y el fútbol formativo, ampliando la oferta deportiva de la institución.
Una de las decisiones más importantes en la historia reciente del club fue la venta de 3.000 metros cuadrados de sus tierras para permitir el paso de la calle Perito Moreno, conectando el centro de la ciudad con el barrio Mariano Moreno. Esta venta, motivada por una crisis económica, permitió al club continuar sus actividades y, al mismo tiempo, retomar la idea de trasladar su estadio a La Chacra.
Finalmente, en noviembre de 2011, Independiente inauguró su nuevo campo deportivo en La Chacra. Desde entonces, el club ha seguido desarrollándose en la ribera del río Neuquén, en el barrio Confluencia, pero siempre con el mismo espíritu de aquel sueño que Ferrucio Versegnazzi tuvo hace más de un siglo.